Klinička dijagnoza je pouzdana samo u slučaju lobarne pneumonije, međutim vjerojatnost pneumokokne etiologije izvanbolničke pneumonije, otitisa, sinusitisa je 60-80°. Dijagnoza se može provjeriti samo na temelju rezultata mikrobiološke pretrage odgovarajućeg biosupstrata: u slučaju rinitisa - iscjedak iz nosa (razmaz), u slučaju otitisa, sinusitisa - gnojni eksudat, u slučaju pneumonije - sputum, u slučaju meningitisa - cerebrospinalna tekućina.