Liječenje meningokokne infekcije ovisi o kliničkom obliku bolesti. U slučaju nazofaringitisa terapija je simptomatska. Ako se dijagnoza bakteriološki potvrdi, koriste se benzilpenicilin, ampicilin, cefalosporini prve i druge generacije, kloramfenikol, pefloksacin u prosječnim terapijskim dozama tijekom 3 dana. Ne smiju se koristiti kotrimoksazol i aminoglikozidi, na koje je većina trenutno postojećih sojeva meningokoka rezistentna.