Atonija i paraliza jednjaka su stanja karakterizirana funkcionalnim poremećajima neuromuskularnog aparata jednjaka, čiji su uzroci toliko brojni da se ne mogu podvrgnuti bilo kakvoj sveobuhvatnoj sistematizaciji.
Proširenja jednjaka karakteriziraju se gigantskim povećanjem po cijeloj duljini jednjaka s karakterističnim morfološkim promjenama u njegovim stijenkama s oštrim sužavanjem njegovog srčanog segmenta, što se naziva kardiospazam.
Mehaničke ozljede jednjaka spadaju među najteže ozljede, često završavajući smrću čak i unatoč pravovremeno i potpuno provedenim mjerama liječenja. Anatomske ozljede jednjaka (rane, rupture, perforacije stranim tijelima) u nadležnosti su torakalnih kirurga.
Plummer-Vinsonov sindrom karakterizira atrofija sluznice usne šupljine, ždrijela i jednjaka, a manifestira se mnogim sistemskim simptomima: poremećajem gutanja, disfagijom, osjećajem peckanja na jeziku.
Trofičke bolesti jednjaka nastaju kao posljedica lokalnih ili općih patogenih čimbenika i manifestiraju se raznim patomorfološkim promjenama u njegovoj sluznici i dubljim slojevima.
Kontaktni ulkus jednjaka je rijetka bolest koja nastaje kao posljedica dugotrajnog pritiska stijenki jednjaka, smještenih sprijeda između ploče krikoidne hrskavice i straga - tijela šestog vratnog kralješka.
Ezofagealna skleroderma jedna je od manifestacija sistemske skleroderme, progresivne bolesti koju karakteriziraju promjene vezivnog tkiva s razvojem skleroze i obliterirajućim oštećenjem arteriola.