U slučaju kongenitalne infekcije citomegalovirusom, priroda oštećenja fetusa ovisi o razdoblju infekcije. Akutna infekcija citomegalovirusom kod majke u prvih 20 tjedana trudnoće može dovesti do teške fetalne patologije, što rezultira spontanim pobačajem, intrauterinom smrću fetusa, mrtvorođenčetom, manama, u većini slučajeva nespojivim sa životom. U slučaju infekcije citomegalovirusom u kasnim fazama trudnoće, prognoza za život i normalan razvoj djeteta je povoljnija.