Pacijente brinu sljedeći simptomi krpeljnog encefalitisa: glavobolja, opća slabost, malaksalost, zimica, osjećaj vrućine, znojenje, vrtoglavica, bol u očnim jabučicama i fotofobija, gubitak apetita, bol u mišićima, kostima, kralježnici, gornjim i donjim ekstremitetima, donjem dijelu leđa, vratu i zglobovima.