Detekcija uzročnika je od ključne važnosti za potvrdu dijagnoze pneumocistoze. Glavni materijal za istraživanje je sputum, bronhalni sekreti, ispirci dobiveni tijekom bronhijalne lavaže ili bronhoalveolarne lavaže, komadići plućnog tkiva uzeti tijekom transbronhijalne, perkutane ili otvorene biopsije. Najčešće se, zbog teškog stanja pacijenta, ove manipulacije ne provode kako bi se izbjegle komplikacije.